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教師無し説明可能型AIを用いた昆虫種特異的なゲノムの特徴抽出
澤田 祐衣[1], 嶺井 隆平[1], 田端 裕正[1], 池村 淑道[1], 和田 健之介[1], 和田 佳子[1], *岩﨑 裕貴[1]
[1]長浜バイオ大
昆虫は非常に多様な生物群であり、記載種数は既知の総種数の半分を占める95万種に上り、近縁種間においても形態的に大きな特徴の違いが見られる。本研究では、それぞれの昆虫種に特異的なゲノムの特徴抽出を行うために、教師なし型AIである一括学習型自己組織化マップ(BLSOM) を用いた解析を行った。22種の昆虫のゲノム配列を1Mbごとに断片化し、連続塩基組成、特に縮退5連続塩基組成に基づいたBLSOM解析を実施した。それぞれのゲノム断片は種ごとにクラスターを形成しており、種特異的な連続塩基組成を持つことが見られた。これらの特徴は昆虫種の多様性を理解するための重要な手かがりになると期待できる。
keywords: 昆虫ゲノム; Genome signature; AI
Insect species-specific genome signature extracted by unsupervised explainable AI
Yui Sawada[1], Ryuhei Minei[1], Hiromasa Tabata[1], Toshimichi Ikemura[1], Kennosuke Wada[1], Yoshiko Wada[1], *Yuki Iwasaki[1]
[1] Nagahama Institute of Bio-Science and Technology