2E-07Back
塩基配列をもとにした植物プロモーターコンテクストの定量と転写開始点予測
平塚柊星[1], 蒔田由布子[2,3], 山本義治[1,2,4]
[1]岐阜大院・自然科学技術, [2]理研・CSRS, [3]前橋工科大・生命情報, [4]岐阜大・応用生物
我々はミドルレンジ（~1 kbp）のプロモーター配列を評価することでプロモーターコンテクストを定量化する方法を開発した。この方法により200bpの幅で転写開始点(TSS）を予測することも可能である。TSS予測はコアプロモーターのタイプ（TATA型、GA型、コアレス型）によらず高い精度で実現できたことから、コア構造に依存しない形での予測／プロモーターコンテクスト評価を確立することができた。また、我々の評価法によりプロモーターの成熟度も見積もることができるのではないかと考えている。
keywords: プロモーターコンテクスト; 転写開始点(TSS); バイオインフォマティクス
Sequence-based evaluation of promoter context in plants for prediction of TSS
Tosei Hiratsuka [1], Yuko Makita [2,3], Yoshiharu Y. Yamamoto [1,2,4]
[1] Grad Sci Nat Sci Technol, Gifu Univ. [2] RIKEN CSRS, [3] Div Informatics, Bioengineer Biosci, Maebashi Inst Tech. [4] Fac Appl Biol Sci, Gifu Univ.