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わが国における変異体SARSーCoVー2のスパイクタンパクの立体構造の比較
雨宮 三千代
冲中記念成人病研究所
SARS-CoV-2は様々な変異を繰り返し、未だパンデミックの終焉には至らない。本研究では、わが国で感染拡大を引き起こしたアルファ株、デルタ株、オミクロン株のスパイクタンパクについて、BLASTにより武漢株と比較した。それぞれの株は、特有の共通変異をもち、更に、わが国で、新たに変異が追加された。この変異を追うため、MEGAXで分子系統樹を作成した。これらの株の非同義置換のアミノ酸変異には共通性がみられ、614DGは全ての株が有し、501NYと681PHはアルファ株とオミクロン株が、681PRはデルタ株が有していた。点変異、欠失、挿入がスパイクタンパクの立体構造に与える影響を検討するため、SWISS-MODELにより変異体の立体構造を構築し、武漢株と比較した。BA.5は、解析中である。
keywords: SARS-CoV-2:Spike Protein:SWISS-MODEL
Comparison of the tertiary structure of the spike protein of variant SARS-CoV-2 in Japan
Michiyo Amemiya
Okinaka Memorial Institute for Medical Research