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SARS-CoV-2ゲノムにおけるヌクレオチド含量の変化を予測するためのヌクレオチド置換の新しい時間非可逆モデル
三澤計治[ 1]
[1]横浜市大・医・遺伝学
SARS-CoV-2は世界的な重症急性呼吸器症候群の原因となるRNAウイルスである。最近の研究によると、ヒトのRNA editingの影響で、SARS-CoV-2ゲノム配列中では、CからUへの置換率が他の塩基間の置換率より高い。従来の時間可逆的置換モデルは、CとUの間の非対称置換に適用できない。そこで、CとUの間の非対称置換を取り入れた時間非可逆的な塩基置換モデルを開発した。新しいモデルによるSARS-CoV-2ゲノム配列のヌクレオチド頻度変化の予測値は、GISAIDに登録されたSARS-CoV-2ゲノム配列のヌクレオチド頻度変化の観測値とよく一致し、新しいモデルの妥当性が示された。
keywords: 新型コロナウイルス；塩基置換モデル；RNA editing
A new time-irreversible model of nucleotide substitutions for the SARS-CoV-2 genome
Kazuharu Misawa [1]
[1] Yokohama City Univ.